يمثل التعاون الثنائي مع دول حوض النيل أحد المحاور الرئيسية فى السياسة المصرية الخارجية، ويعتبر جزءا أساسيا في الاستراتيجية المصرية للتحرك مع دول حوض النيل.
ويعتبر توافر الإمكانيات البشرية، والخبرات الفنية والمؤسسية أحد أهم عوامل نجاح أنشطة التعاون المصري الثنائي، ومن ثمّ عملت وزارة الموارد المائية والري على تنمية علاقاتها الثنائية مع مختلف دول القارة خاصة دول حوض النيل، وتوظيف وزارة الموارد المائية والري لخبراتها وإمكانياتها في دعم هذا التوجه ولخدمة الدول الأفريقية الشقيقة في كافة المجالات المتعلقة بالموارد المائية.
وتعد الهضبة الإستوائية هى المصدر الثانى لمياه النيل إذ يصل 15% من مياهها إلى مياه النيل وتضم 6 دول هى: كينيا، تنزانيا، أوغندا، الكونغو الديمقراطية، رواندا وبوروندى، وتنظم العلاقة المائية بينهم وبين مصر عدد من الاتفاقيات أهمها:
1- إتفاقية لندن الموقعة فى مايو 1906 بين كل من بريطانيا والكونغو – وهى تعديل لإتفاقية كان قد سبق ووقعت بين ذات الطرفين فى 12 مايو 1894 – وينص البند الثالث منها على أن تتعهد حكومة الكونغو بألا تقيم أو تسمح بقيام أي إشغالات على نهر السمليكى أو نهر أسانجو أو بجوارهما يكون من شأنها خفض حجم المياه التى تتدفق فى بحيرة ألبرت ما لم يتم الإتفاق مع حكومة السودان .
2- إتفاقية 1929 وهى عبارة عن خطابين متبادلين بين كل من رئيس الوزراء المصري آنذاك، محمد محمود، وبين المندوب السامي البريطانى لويد، وكلا الخطابين موقعين بتاريخ 7 مايو 1929 ومرفق بهما تقرير للجنة المياه الذى سبق إعداده فى عام 1925.
ويعتبر هذا التقرير جزءا من هذه الإتفاقية، وكان توقيع بريطانيا على هذه الاتفاقية نيابة عن كل من السودان وأوغندا وتنجانيقا (تنزانيا حالياً) وجميعها دول كانت تحتلها بريطانيا آنذاك وأهم ما ورد فى تلك الإتفاقية :
- ألا تقام بغير إتفاق مسبق مع الحكومة المصرية أعمال رى أو توليد قوى أو أى إجراءات على النيل وفروعه أو على البحيرات التي ينبع منها سواء فى السودان أو فى البلاد الواقعة تحت الإدارة البريطانية من شأنها إنقاص مقدار المياه التي تصل لمصر أو تعديل تاريخ وصوله أو تخفيض منسوبه على أى وجه يلحق ضررًا بمصالح مصر.
- وتنص الإتفاقية أيضا على حق مصر الطبيعى والتاريخى فى مياه النيل .
3- إتفاقية لندن الموقعة فى 23 نوفمبر 1934 بين كل من بريطانيا نيابة عن تنجانيقا وبين بلجيكا نيابة عن رواندا وأوروندى (رواندا وبوروندى حاليًا) وتتعلق باستخدام كلا الدولتين لنهر كاجيرا.
4- إتفاقية 1953 الموقعة بين مصر وبريطانيا نيابة عن أوغندا بخصوص إنشاء خزان أوين عند مخرج بحيرة فيكتوريا، وهى عبارة عن مجموعة من الخطابات المتبادلة خلال عامى 1949 و1953 بين الحكومتين المصرية والبريطانية ،ومن أهم نقاط تلك الإتفاقية:
- أشارت الإتفاقيات المتبادلة إلى إتفاقية 1929 وتعهدت بالالتزام بها ونصت على أن الإتفاق على بناء خزان أوين سيتم وفقاً لروح إتفاقية 1929 .
- تعهدت بريطانيا فى تلك الإتفاقية نيابة عن أوغندا بأن إنشاء وتشغيل محطة توليد الكهرباء لن يكون من شأنها خفض كمية المياه التى تصل إلى مصر أو تعديل تاريخ وصولها إليها أو تخفيض منسوبها بما يسبب أى إضرار بمصلحة مصر.
5- إتفاقية 1991 بين كل من مصر وأوغندا التى وقعها الرئيس السابق، محمد حسني مبارك، والرئيس الأوغندي، موسيفينى، ومن بين ما ورد بها :
- أكدت أوغندا فى تلك الإتفاقية احترامها لما ورد فى إتفاقية 1953 التى وقعتها بريطانيا نيابة عنها وهو ما يعد اعترافًا ضمنيا بإتفاقية 1929.
- نصت الإتفاقية على أن السياسة التنظيمية المائية لبحيرة فيكتوريا يجب أن تناقش وتراجع بين كل من مصر وأوغندا داخل الحدود الآمنة بما لا يؤثر على احتياجات مصر المائية.