تتعاون الدولة المصرية دائمًا مع دول حوض نهر النيل منذ قديم الأزل بالإضافة إلى المشروعات القائمة في مجالات التعاون الثناني من خلال وزارة الري والموارد المائية، حيث يجرى حاليا  التخطيط لبدء مشروع حفر 30 بئر جوفى فى جمھورية الكونغو الديمقراطية .

إنشاء سدود حصاد مياه االمطار وخزانات، حيث تقوم الوزارة حالياّ بالانتهاء من كراسة الشروط والمواصفات الفنية لعملية انشاء ٥ سدود حصاد مياه الأمطار  لتوفيرھا للشرب والاستخدمات المنزلية فى القرى والمدن المحرومة فى أوغندا ، بالإضافة إلى  التخطيط لمثل ھذا المشروع فى جنوب السودان لالستفادة من مياه األمطار المھدرة وتوفيرھا فى استخدامات مياه الشرب والثروة الحيوانية .

والدراسات والبحوث المتعلقة بالموارد المائية والرى: حيث تھتم مصر بنقل خبراتھا فى مجاالت الموارد المائية والرى والطاقة الى أشقائھا من دول حوض النيل  ، فمثال تقوم مصر حالياّ بالانتهاء من إعداد دراسات الجدوى الفنية لمشروع سد واو المتعدد االغراض بجنوب السودان لتوفير  حوالى ٢مليار م٣ ولتوليد ٨ ميجاوات باإلضافة الى توفير مياه الشرب لحوالى 500 ألف نسمة والاستفادة من المياه فى الرى التكميلى لحوالى 30 40  ألف فدان مما يتيح فرصة لالستثمار الزراعى لمصر فى جنوب السودان.

كما يجرى حالياّ مع الكونغو الديمقراطية تفعيل مشروع اعداد دراسات الجدوى إلنتاج الطاقة الكھرومائية من نھر السلميكى بالكونغو . بالإضافة إلى دولة اثيوبيا والتى تقوم مصر بالمساھمة فى انشاء معمل لألبحاث الھيدروليكية بأديس أبابا لتطوير نظم االبحاث الھيدروليكية والنماذج الفزيائية والمحاكاة الھيدروليكية للمنشأت المائية .

  لاسما مشروعات التعاون الفنى مع جنوب السودان بتنفيذ عدد من المشروعات لتأھيل وصيانة محطات قياس المناسيب والتصرفات المنتشرة على النيل فى السودان وجنوب السودان وذلك لجمع البيانات والمعلومات  الھيدرولوجية التى ستساھم فى إعداد الدراسات والبحوث الھيدرولوجية .

دعم إنشاء معامل لتحليل نوعية المياه: حيث تدعم مصر دول حوض النيل فى مجال نوعية المياه من خلال البرامج التدريبية المكثفة التى يتم  تنظيمھا فى معامل الوزارة بالمركز القومى لبحوث المياه باإلضافة الى المساھمة إنشاء معمل مركزى لتحليل نوعية المياه بجنوب السودان والذى يعد أول معمل لتحليل نوعية المياه ھناك مجھز بكافة األجھزة والمعدات للرصد البيئى وتحليل نوعية المياه .

كما تحرص وزارة الموارد المائية والرى على إيفاد الخبراء والفنيين إلى دول حوض النيل للاستفادة من الخبرات المصرية بالإضافة إلى الاستفادة من خبرات دول الحوض فى العديد من المجاالت ، وتقوم الوزارة بصفة دورية بإرسال العديد من الخبراء والفنيين من الوزارة الى دول الحوض والذين يساھمون احياناّ فى وضع الخطط واستراتيجيات الموارد المائية فى تلك الدول.