يصف على باشا مبارك في كتابه "الخطط التوفيقية" مسجد الشيخ إبراهيم باشا بمنطقة الباب الأخضر في الإسكندرية، بقوله "دروس العلم لا تنقطع به، فهو في الإسكندرية كالأزهر في مصر، وأول بناء أُقيم في منطقة المنشية كان مسجد الشيخ إبراهيم باشا سنة 1240 هجريًا".

عن تاريخ إنشاء المسجد، يقول الدكتور إسلام عاصم، أستاذ مساعد التاريخ الحديث والمعاصر، نقيب المرشدين السياحيين السابق بالإسكندرية، إن مسجد الشيخ إبراهيم باشا يعد واحد من أهم المساجد التاريخية في الإسكندرية والذي يغفل عنه الكثيرون، فالناس عادةً يخطئون بين مسجد الشيخ إبراهيم باشا في منطقة الباب الأخضر، ومسجد القائد إبراهيم الواقع في منطقة محطة الرمل، والذي أُقيم في عام 1948 في الذكرى المئوية لوفاة القائد إبراهيم باشا بن محمد علي باشا.

وأوضح "عاصم" أن المسجد بناه إبراهيم باشا، واحد من علماء الإسكندرية، في عام 1824 طبقًا للوحة التأسيسية الموجودة به، في المنطقة المعروفة باسم "منطقة الباب الأخضر"، وكان يوجد أسفله حوانيت، كانت إيراداتها مخصصة للإنفاق على المسجد، وهو واحد من أهم المساجد المعلقة في الإسكندرية.

ويُقال أن الشيخ إبراهيم باشا كانت له بعض الفتاوى ضد الديانات الأخرى، منها تحريم أكل اللحم الذي ذبحه مسيحيين، وعندما عرف محمد علي باشا بهذه الفتاوى غضب عليه بشدة وأخذ منه أراضي كثيرة كان يملكها، وهي الأراضي المتواجدة خلف المسجد، وأهداها لأصحاب الديانات الأخرى، وهذه رواية غير مؤكدة.

وذكر "عاصم" أنه سواء كانت هذه الرواية صحيحة أم لا، إلا أنه من المؤكد أن محمد علي باشا كان يسعى لجذب الأجانب للاستثمار في الإسكندرية، فإن كانت هذه الفتاوى صحيحة، بالتأكيد غضب منها، فمن المعروف أن مدينة الإسكندرية كان يدق فيها أجراس الكنائس في ذلك الوقت، وهو الأمر الذي لم يكن موجودًا في الدولة العثمانية.

وأشار "عاصم" إلى أن المسجد كان ملحق به مدرسة وسبيل وحمام ومكان للاستشفاء يعالج فيه المرضى وكُتاب لتحفيظ القرآن الكريم وصهريج مياه ومحلات وحوانيت، وكلها كانت مرتبطة به، منوهًا بأن وزارة الأوقاف قامت بترميمه وتجديده في عام 1994 مع حدوث تغيير في الشكل، إلا أن المئذنة احتفظت بشكلها المميز على طراز الشمعة.

وأضاف، أن المسجد كان يتمتع بشهرة كبيرة بعد فتح شارع السكة الجديدة سنة 1840 والذي يخترق منطقة "كوم وعلة" المعروفة حاليًا بكوم الناضورة، وانتقلت المقابر التي كانت موجودة في الشارع إلى مقابر عمود السواري، وهذا الشارع الحيوي ربط المحمودية بقلب المدينة، وقد أُزيلت معظم الأضرحة وقتها، ولم يتبقى سوى أضرحة الأولياء التي بُني عليها مساجد ليصبح واحد من أهم الشوارع في مدينة الاسكندرية.